Den Kern der großen Weisheitstraditionen der Welt bildet die Philosophia perennis , in deren Zentrum wiederum die sog. Große Kette des Seins steht. Diese stellt ein Bewusstseinskontinuum dar, das von der Materie über Körper, Seele und Geist bis zum nondualen GEIST reicht.
Wilber schlägt vor, die unterste Stufe Materie aus dieser Kette zu entfernen und sie stattdessen dem rechten oberen Quadranten zuzuordnen. Damit ist Materie nicht mehr die unterste Stufe in der Kette, sondern Materie ist die äußere Form jeder Stufe, während das Bewusstsein im oberen linken Quadranten der innere Aspekt jeder Stufe in der Großen Kette des Seins ist.
Diese Kette kann man sich eher wie ein Nest vorstellen, da jede höhere Ebene die vorausgehende Ebene nicht ablöst, sondern einbettet bzw. transzendiert und integriert. Die höchste Ebene (nondualer GEIST) bildet gewissermaßen die Grundlage und Integration aller Ebenen. Bei diesem Stufen-Modell handelt es sich also um eine Holarchie: Die niedrigeren Ebenen sind grundlegender und in den höheren Ebenen enthalten. Bei der Evolution des menschlichen Bewusstseins innerhalb dieser Holarchie ändert sich auf jeder Ebene die Selbsidentifikation von symbiotischer Verschmelzung über egozentrisch, ethnozentrisch, weltzentrisch, kósmozentrisch bis zum transpersonalen Zeugen und wird schlussendlich eins mit dem nondualen GEIST.
Die Evolution schreitet in Schritten bzw. Stufen voran, sog. Entwicklungsebenen oder –strukturen. Durch diese Abfolge von Struktur-Stufen bildet sich eine Holarchie, d.h. jede höhere Stufe transzendiert die Vorgängerstufe und integriert diese anschließend.
Bei diesem Prozess der Transzendierung und Integration können bei jedem Stufenübergang eine Reihe von Pathologien auftauchen, beispielsweise: Dissoziation und Verdrängung [Schatten]; Prä/Trans-Verwechslungen [PTV], z.B. Boomeritis).